Con el nombre de Lacu-nela, aparece mencionada en el fuero de Nájera, otorgado por el rey Sancho III, EL Mayor, en el Siglo XI. Anteriormente la villa aparece citada en el testamento de doña Estefanía, viuda del rey don García de Nájera, que dejó a su hijo el infante don Fernando el pueblo de Jubera con sus villas Bucesta, Lagunilla, Oprela y sus términos.

En el año 1478, el conde de Aguilar, señor de Cameros tenían en encomienda la villa de Lagunilla, sus vecinos en aquella fecha, formaron parte de los términos de Ribafrecha que era partidaria de los señores de Navarrete, enfrentados entonces a los señores de Cameros. Las diferencias entre ambos tuvieron que ser saldadas con la intervención de los Reyes Católicos.

Perteneciente al Monasterio de San Prudencio, en el Siglo XVI, Felipe II la incorporó a la corona. Poco después el rey vendió la villa de Lagunilla a Martín de la Rivera.

Formó parte de la provincia de Burgos y después de la de Soria, hasta que finalmente se creó la provincia de Logroño, por Real Decreto de 30 de Noviembre de 1833.